AFLP技术是一项新的分子标记技术，其原理是基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列，作为引物结合位点。限制性片段用二种酶切割产生，一种是罕见切割酶，一种是常用切割酶。
AFLP可在一次单个反应中检测到大量的片段。由于AFLP扩增可使某一品种出现特定的DNA谱带，而在另一品种中可能无此谱带产生，因此，这种通过引物诱导及DNA扩增后得到的DNA多态性可做为一种分子标记。所以说AFLP技术是一种新的而且有很大功能的DNA指纹技术。
实验流程
AFLP反应程序主要包括模板DNA制备，酶切片段扩增及凝胶电泳分析这3个基本步骤。各步骤具体的过程有：
①首先，制备高分子量(HMW)基因组DNA，选择6个碱基识别位点的限制性内切酶(通常是EcoRI或PstI或SacI)。
②酶切后的限制性片段在T4连接酶的作用下与特定的接头相连接，形成带有接头的特异性片段。
③DNA片段的预扩增。
④在Taq聚合酶的作用下，完成AFLP的选择性扩增。
⑤PCR产物变性后在含尿素的聚丙烯酰胺变性胶上电泳。
⑥多态性比较分析，特异片段回收克隆分析。
AFLP技术的应用:
构建遗传连锁图谱
利用AFLP快速鉴别与目的基因紧密连锁的分子标记
AFLP辅助的轮回选择育种
利用AFLP技术研究基因表达与调控
分类和进化研究
甲基化研究
提供服务：
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